Последипломските студии се реализираат преку наставно-менторски активности. Начинот на остварувањето на студиите е соодветно усогласен со актите на универзитетот “Св. Кирил и Методиј”. Според наставниот план, последипломските студии се организираат како магистерски студии во траење од две години, и специјалистички студии во траење од една година.
Во Економскиот институт се организираат последипломски студии од следниве области:
- меѓународна економија,
- финансиски менаџмент,
- агробизнис
- претприемништво
- меѓународен менаџмент