Во својот повеќегодишен развој, Економскиот институт – Скопје е поставен во функција на реализација на јавниот интерес на земјата, преку владини програми за развој на научноистражувачката дејност, во делот на економијата. Основна дејност на Економскиот институт – Скопје претставува научноистражувачката работа од областа на економските науки, организационите науки и управување (менаџмент) и демогафијата, како и остварување на високообразовна дејност од втор и од трет циклус, оспособување и усовршување на научноистражувачки кадри, создавање и развој на научноистражувачка инфраструктура, издавачка дејност, како и други активности, непосредно врзани со остварувањето на основната дејност. Во своето 70-годишно постоење, Економскиот институт – Скопје се позиционира како значаен фактор во развојот на економската мисла во државата и нејзината имплементација во успешното разрешување на сите практични проблеми во оваа сфера.

За остварување на своитe активности, Економскиот институт – Скопје е организиран во три одделенија, на кои се определени раководители:

• Одделение за економски науки,
• Одделение за организациони науки и управување (менаџмент) и
• Одделение за демографија.

Научниот совет на Институтот е орган на управување и стручен орган, раководен орган е директорот, а орган на управување е Институтската управа. За вршење на дел од активностите од областа на науката, меѓународната соработка, наставата и на финансиите, задолжени се двајца заменици директори.

За вршење на стручни, административни, нормативни и помошно технички работи во функционирањето на Институтот задолжена е Стручната и административна служба. Со службата на Институтот раководи секретар.

Наставно-научниот колегиум е тело кое се занимава со работи, поврзани со образовната дејност од втор и од трет циклус на студии. За издавачката дејност се грижи Уредувачкиот одбор на Институтот