Освен научноистражувачката дејност, Економскиот институт – Скопје, во рамките на своите активности, спроведува и високообразовна дејност од втор и од трет циклус на студии. Oд учебната 1998/99 година, Економскиот институт – Скопје, во рамките на своите активности, организира и спроведува едногодишни и двегодишни последипломски студии структуирани во осум различни студиски програми.